La vegetación del municipio de Santo Tomás está clasificada entre los bosques muy secos tropicales por tener un alto grado de salinidad sus suelos. Las especies vegetales más representativas son, las plantas exterofíticas, que tienen la propiedad de adaptarse a estos terrenos salitrosos y semiáridos, enTre estos tenemos las plantas espinosas, trupillos la cual abunda en los potreros, aromo rastrero, aromo real, zarsa, guamacho, los cactus y carnodes, tunas, piñuelas, matarratón, uvito, guarumo, roble, almendro, ceiba, dividivi, acacias, camajoru, a orillas de la Cienaga y el Río Magdalena se encuentran algunos mangles, batatillas, enea, entre otras; en la actualidad el árbol de mango es muy representativo de municipio ya que en casi todas las casas se encuentra, en los montes y entrada de Barranquilla - Santo Tomás.
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